旅顺之战证实了祖大寿的担心。此役仅真女真武士便有一万多人战死或被俘,蒙古军、汉军、索伦兵死伤也颇为惨重,还有大批民夫成为俘虏,前前后后两名贝勒战死,死伤被俘三万余人,华夏变色!虽然他派遣祖大乐和祖大弼去参战,这两个堂兄弟也争气,以打死狗的姿态摁着后金的脸将其暴打一顿,斩获之多,前所未有,然而腰杆彻底硬起来了的崇祯表示要一分为二,功是功,过是过,祖大乐和祖大弼的战功我不会忘,你在旅顺大战的时候那消极避战的态度我也不会忘!于是祖大乐和祖大弼,还有那两千参战的关宁军都得到重赏,而祖大寿等人却啥都没捞到。不仅如此,崇祯还将这两支铁骑调入关,分别加入天雄军和河洛新军的作战序列!祖大寿知道,那位年轻的天子是在警告他:别再跟朕耍花枪,老老实实的打仗,朕已经不再是以前那个任你们揉捏的崇祯,关宁军也不再是以前那支一家独大的关宁军了!
更加不妙的是,关宁军内部对他也颇多怨言,认为祖大寿被皇太极打败了,畏敌避战,害得他们错过了一场扬眉吐气的大捷,一场泼天似的的大功,完全忘了正是他们极力要求祖大寿避战,别把他们派到旅顺送死的。没办法,军队始终是强者为尊,没有对比就没有伤害,跟杨梦龙、卢象升这两位一次次指挥大军硬碰硬地将后金劲旅撞回去,让后金损兵折将的战神相比,祖大寿畏敌避战、保存实力的举动就显得格外的扎眼了。
随着大明对后金包围网的形成,关宁军的地位正在下降。旅顺之战为大明磨练出了一大批精兵强将,崇祯手里能打的牌比以前好多了,辽东半岛那边有杨梦龙一手编练的东江军;山东有以魂兮归来的浙军为主体编练而成的登莱新军和登莱水师,与旅顺、京津互为犄角,随时可以出兵直捣梁房口(营口),甚至沿大辽河入海口扫荡辽河平原上的农垦区;宣大那边有天雄军,将九边防线经营得跟铜墙铁壁似的;中原腹地还有河洛新军充当总预备队,不管是东移山东还是西出宣大都很方便;实在不行,还有川军可以顶上来,也能跟后金过上几招。而关宁军的位置就有些尴尬了,算是最不重要的一环,崇祯对他们要求不高,不求你立下多大的战功,只要守住山海关,别给我添乱就谢天谢地了。于是在崇祯七年,崇祯破天荒地削减了一百万两辽饷,分给天雄军和河洛新军,今年更厉害,削减了一百五十万两,分给天雄军、登莱新军和东江军,这就让关宁军很不满了。更加让关宁军难堪的是,天雄军在河套地区节节胜利,东江军在辽东半岛不时打下几个后金的村落城镇,河洛新军在台湾把西夷揍得哭爹喊娘,大家都在开疆辟土,唯独拿着最多的粮饷的关宁军,仍在锦州、山海关一线抱头蹲防!
朝中对关宁军的不满日甚一日,不少唯恐天下不乱的御史言官甚至把祖大寿降金的破事又翻了出来,对他口诛笔伐。当然,这种蠢货让崇祯一脚踹回老家啃老米了,奶奶的,你们是嫌天下不够乱是吧?尽管如此,祖大寿还是感到一阵恐惧、彷徨,祖氏一门的荣耀都源于朝廷对关宁军的依赖,就是仗着朝廷对他们的依赖,他们干了太多太多不该做的事情,现在朝廷不再依赖关宁军了,一旦算起旧账来,他们这些辽东军阀有一个算一个,拎出去挨个砍头都不会有冤枉的!